자동말소된 장기임대주택의 임대기간 중 양도차익 산정 방법

민특법상 자동말소된 장기일반민간임대주택의 조특법§97의3에 따른 “임대기간 중 양도차익에서 임대기간은” 조특령§97의3④에 의하여 계산하는 것임

[회신] 귀 질의의 경우, 기존해석사례인 “사전-2021-법규재산-1563(2023.6.1.)”을 참고하시기 바랍니다. ○ 사전-2021-법규재산-1563, 2023.6.1. 거주자가 주택을 취득한 후,「(구)임대주택법」(2011.08.04. 법률 제11021호로 개정되기 전의 것) 제2조제3호에 따른 매입임대주택으로 등록하여 임대한 후 ’19.2.12. 전에 「민간임대주택에 관한 특별법」(2018.1.16. 법률 제15356호로 개정되기 전의 것) 제2조제5호의 준공공임대주택으로 변경신고하여 계속 임대한 경우로서, ’20.8.18. 개정된 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 등록이 자동말소된 경우, 「조세특례제한법 시행령」제97조의3제5항의 “임대기간 중 양도차익”에서 임대기간은, 같은 영(’19.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제97조의3제4항에 따라 5년의 범위에서 매입임대주택으로 임대한 기간의 100분의 50에 해당하는 기간을 준공공임대주택의 임대기간에 포함하여 계산하는 것입니다. 1. 사실관계 | ’15.12. | A주택 (아파트) 취득 | | ’16. 1. | A주택 임대등록 (단기, 4년) | | ’18. 2. | A주택 임대등록 변경 (준공공, 8년) | | ’24. 1. | A주택 임대등록 자동말소 | | 예정 | A주택 양도 | 2. 질의요지 - 2019.2.12. 전에 민간임대주택을 준공공임대주택으로 변경등록하고 자동말소된 후 해당 임대주택을 양도하는 경우 조특법§97의3 특례 (이하 ‘쟁점특례’)가 적용되는 임대기간 산정 방법 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다. 1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우 ② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다. ③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다. ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 제97조의3 【장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 「소득세법」제1조의2제1항제1호에 따른 거주자를 말한다. ② 법 제97조의3제1항제1호에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 10년 이상 계속하여 등록되어 있고, 그 등록 기간 동안 통산하여 10년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 「주택법」에 따른 리모델링의 시행으로 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다. ③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다. 1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다. 2. 「주택법」제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주 택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것 3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 10년 이상 임대할 것 4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것 ④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호ㆍ제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다. ⑤ 「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항에 따라 100분의 70의 공제율을 적용하는 경우에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다. ⑥ 법 제97조의3제2항에 따라 과세특례 적용의 신청을 하려는 자는 해당 장기일반민간임대주택등의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항ㆍ제4항 및 제6항을 준용한다. 4. 관련사례 ○ 서면-2020-법령해석재산-3286, 2021.5.11. 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제5항에 따라 등록이 말소되는 경우 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 보아「조세특례제한법」제97조의3제1항 본문에 따른 과세특례를 적용하며, 같은 항 단서는 적용하지 않는 것입니다. ○ 기획재정부 재산세제과-720, 2023.5.25. [질의내용] 매입임대주택으로 등록하여 매입임대주택의 임대의무기간(5년)이 종료된 이후, ’19.2.12. 전에 준공공임대주택(현 장기일반민간임대주택)으로 변경신고하여 임대한 경우로서, 민간임대주택법§6⑤에 따라 자동말소된 경우, 조특법§97의3 적용범위인 「임대기간 중 양도차익」의 임대기간 계산 방법 (제1안) 조특령§97의3②(2)에 따른 자동말소주택의 임대의무기간 (제2안) 조특령§97의3④에 따른 임대기간 [회신] 「조세특례제한법 시행령」 제97조의3제5항 에 따른 임대기간 중 발생한 양도차익은 같은 영 제97조의3제4항에 따라 계산한 임대기간 동안 발생한 양도차익을 말하는 것입니다. ○ 사전-2021-법규재산-1563, 2023.06.01. 위 사전답변신청의 사실관계와 같이, 거주자가 주택을 취득한 후,「(구)임대주택법」(2011.08.04. 법률 제11021호로 개정되기 전의 것)제2조제3호에 따른 매입임대주택으로 등록하여 임대한 후 ’19.2.12. 전에 「민간임대주택에 관한 특별법」(2018.1.16. 법률 제15356호로 개정되기 전의 것)제2조제5호의 준공공임대주택으로 변경신고하여 계속 임대한 경우로서, ’20.8.18. 개정된 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항 에 따라 등록이 자동말소된 경우, 「조세특례제한법 시행령」제97조의3제5항의 “임대기간 중 양도차익”에서 임대기간은, 같은 영(’19.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것)제97조의3제4항에 따라 5년의 범위에서 매입임대주택으로 임대한 기간의 100분의 50에 해당하는 기간을 준공공임대주택의 임대기간에 포함하여 계산하는 것입니다. 또한, 동일한 주택에 대하여「조세특례제한법」제97조의3에 따라 장기보유특별공제를 적용받은 임대기간 외의 임대기간에 같은 법 제97조의4에 따른 장기보유특별공제를 적용할 수 없는 것입니다.